Era el cuarto hijo de Francesco Duni, maestro di cappella en Matera y fue bautizado el 11 de febrero de 1709. Le enseñó música su padre, junto a sus dos hermanas. A la edad de nueve años, fue aceptado en el Conservatorio Di Santa Maria Di Loreto, cerca de Nápoles, donde fue alumno de Francesco Durante. Allí trabajó con Giovanni Battista Pergolesi, Giovanni Paisiello, Leonardo Vinci, y otros maestros de ópera italiana.

Edición discográfica de la comedia "Les deux chasseurs et la laitière" y otras obras de Egidio Romualdo Duni

Su primera ópera, "Nerone", se interpretó en Roma en 1735, obteniendo un éxito mayor que la "Olimpiade" de Pergolesi de ese mismo año. Durante los años siguientes trabajó en varias ciudades europeas hasta convertirse en Maestro di cappella del Duque de Parma hacia 1748, y profesor de música de la hija del duque, Isabella, más tarde Emperatriz de Austria.

En Parma se entregó a la ópera cómica francesa, abandonando la ópera seria italiana, y en 1757 viajó a París, donde se estableció y contrajo matrimonio. Pasó también una temporada en Londres.

En 1761 fue nombrado director musical de la Comédie Italienne y compuso obras decisivas para la creación de un nuevo género de comédie mêlée d'ariettes, combinando elementos italianos con los elementos tradicionales de la opéra comique. Irónicamente, muchas de estas obras para ese teatro no fueron bien recibidas.

Durante los 18 meses entre la première de “La clochette” en julio de 1766 y la de “Les moissonneurs” en  enero de 1768, Duni aparentemente hizo una visita a Italia. El 26 de noviembre de 1768 tanto a él como a Favart se les otorgaron sendas pensiones por la Comédie-Italienne. Después de “Thémire” (1770) se retiró, continuó enseñando y ocasionalmente actuando como jurado en competencias musicales. Los últimos cinco años de su vida los pasó en el retiro en París, donde murió.